戊戌變法失敗后，蔡元培覺得改革政治，清廷已無可與謀，遂斷然請長假南下從事教育，與政變后革職離京的張元濟共事于南洋公學。清末廢科舉興學校后，各地紛紛創辦公私學校，但缺乏合適的課本，成為教學活動中的障礙。1901年，張元濟決定用出版輔助現代教育之普及，因而投資于商務印書館，次年初進商務印書館主持編譯工作。他策劃的出版項目之一就是編輯中小學教科書。因此，蔡元培先生制訂了國文、歷史、地理三種教科書的編輯體例和要求。這套課本中的修身教材、初小十冊和中學五冊由張元濟編寫，高小四冊由高夢旦編寫。這套最新教科書融中西文化知識于一體，編纂者字斟句酌，苦心編修，開創了我國學校用書的新紀元。蔡元培認為新式教科書的編撰“其創始者實為商務印書館”。

　　在初等教育有所發展的基礎上發展高等教育應是題中應有之義，但在20世紀30年代，我國大學教育卻發展遲緩，其主要原因之一，就是缺乏本國編寫的大學教材。因此，30年代初，蔡元培號召開展“國化教科書”運動，大力提倡大學里使用中國學者自己編寫的課本。為此，蔡元培于1931年4月在《申報》上發表《國化教科書問題》一文，指出:

　　現在我國學校，自高中以上，率多采用外國文本子，尤其是自然科學，如數理化動植礦等科，多用原文教學。這固然是我們文化落伍的國家，想得到現代的知識所用的苦法子。但吾人終須認為這是不得已的過渡方法。倘若將這種不良狀況長時間的展延下去，則吾國學子所受的損失，將不可言喻，實為一件可惱痛的事。

　　嗣后，蔡元培在文章中將利用外國文教本的不利之處歸納為“糜費時間與腦力”“與國情不適合”“足為普及教育的障礙”三點，并認為:“‘國化教科書’的責任，當然不是少數人或少數文化機關所能夠擔負的，凡努力文化事業的，如教育家、著作家和出版家均應分擔一些責任。”并號召:“尚望國內教育家和出版界，一致向著這個目標進行，則中國青年幸甚，中國文化幸甚!”

　　在蔡元培的大力倡導下，1932年，商務印書館決定編輯出版一套《大學叢書》，以供國內大學教學使用。商務印書館請蔡元培擔綱，邀集國內各大學及學術機關代表共56人組成《大學叢書》編輯委員會，制訂出版計劃，分請專家編輯各院各系用書，而且每部書稿都必須經編委會有關專家審定，從而保證了出版的教材具有較高的學術水準。蔡元培則經常詢問《大學叢書》的編輯進展情況，還同其他成員一樣參加書稿審讀的具體工作。據有關資料記載，蘭弗得等著的《心理學》一書，蔡元培是逐字審讀后才確定列入選題計劃的。這套叢書先后出版了300余種，各學科的用書均粗具規模。在此前后，言行出版社、南京正中書局、中華書局、貴陽交通書局、大廈大學等單位都出過一些大學用書，雖然其規模均不及商務印書館的《大學叢書》，但亦為促進我國大學教育和學術的獨立作出了各自的貢獻。

　　教育為立國之本。身為教育家的蔡元培除注重正規教育與各級各類學校正式教科書的編撰工作外，還對社會大眾的知識普及教育給予重視和關心。