何壽川現在嘗試的新造紙技術路線，不僅選擇了非木原料秸稈，而且改變了整個造紙工藝。制漿就是獲取纖維素分離木質素的過程，傳統的方法是加堿，用強破壞力的化學手段分離木質素。優點是速度快，缺點是要加上堿回收精餾塔這樣高成本的設備。

　　永豐余嘗試的生物制漿則是用微生物分解原料秸稈，優點是沒有化學添加劑不需要增加高昂的環保設備成本，缺點則是分解過于緩慢。如何解決微生物分解速度，是所有在嘗試生物制漿的企業都要克服的難題。一旦攻克，則在適當的市場環境下，很有可能再次重塑造紙行業的格局。

　　現任永豐余位于揚州的生物制漿廠廠長的黃睿志在2003年加入在高雄的永豐余研發中心。最初研發團隊找到的是生長在森林中的分解木材的一種名為白腐菌的微生物，然而把白腐菌引入實驗室后發現其分解秸稈的速度極其緩慢，秸稈完全分解出纖維素需要長達八至九個月的時間，毫無生產價值。

　　黃睿志介紹，隨后研發團隊在牛糞和馬糞中發現一種微生物，也可以分解秸稈，分解時間縮短到四天。然而這個分解時間對于工業生產而言，依然太長。微生物分解秸稈主要是靠微生物分泌的酵素，研發團隊從牛糞、馬糞中挑選出可分解秸稈的微生物來培養純化活性酵素。“一開始我們也覺得很奇怪，如果牛、馬需要四天才能分解，那豈不是餓死了？”黃睿志思考，是不是在更上游的地方有微生物沒被發現。

　　于是研發團隊又在牛的胃中尋找可以分解秸稈的微生物，果然找到了一些分泌有效酵素的厭氧細菌。找出來之后，黃睿志發現厭氧細菌生產酵素的生產力不是很高。研發團隊的解決方案是，把厭氧細菌中控制酵素生產的那一段基因克隆出來，再找到一個高產的寄主，酵母菌由于快速生產的特性被選為寄主，能夠快速生產出酵素。

　　這一階段已經屬于分子技術的范疇，于是永豐余于2006年在臺北設立了一個進行分子技術研發的分部，從臺灣的大學中招聘了8個分子領域畢業的碩博士及大學生加入到酵素研發的專業團隊中，黃睿志也從高雄搬到臺北。最后，研發團隊挑選培育出能快速大量生產且高活性的酵素，使得在同樣時間同樣能源消耗下，酵母生產的濃度大幅提升，進而使得秸稈分解的時間大幅縮短。最終，永豐余實現秸稈分解時間只需一個小時。

　　“我們使用的酵素，是我們自己篩選出來的，分子技術有，大家都可以嘗試，但能不能成功，還是要看一點運氣。”黃睿志說。

　　何壽川告訴記者，生物制漿技術中最核心的難點就在酵素，現在永豐余篩選出來的特殊品類的酵素，“大概是全世界活性最高的，有很高的門檻”。

　　解決酵素活性問題后，還要解決研發過程中生物和造紙融合的問題。最初實驗室生產出來的紙漿質量很差，何壽川找到黃睿志，讓他看看出現了什么問題。后來黃睿志才發現，做生物研發的人不懂造紙，注重的是將秸稈分解，重點放在分解破壞上。但從造紙角度，纖維的地方是不能被破壞的，要保護纖維。而且生物這端分解后，由于生物研發團隊不懂造紙，甚至拿雜質給下游團隊去造紙，而好的纖維卻拿去堆肥這樣的烏龍狀況。后來永豐余加大了生物研發團隊對造紙知識的了解，這些問題才得以解決。

　　何壽川對生物制漿研發非常重視，每周都會跟研發團隊召開一次會議來了解進展。2008年，每噸紙漿生產過程中需要添加的酵素成本從最初的一千多元降低至不到三百元。何壽川覺得到了工業化量產的階段，讓黃睿志著手進行工廠產線的設計。